本发明属于光学相干层成像技术领域。提供了一种光学相干层成像中B‑scan图像对准方法及系统，获得相同一个位置多张尺寸相同的B‑scan图像，计算各个像素点的总灰度值，得到灰度值图；以灰度值图的第一像素点为中心，血管在灰度值图上所占像素个数为直径，圈定一个圆形区域，在所述圆形区域，选择两张B‑scan图像对其进行互相关性分析，移动图像位置，确定互相关性系数最大的位置完成对准，对剩余各张B‑scan图像进行依次对准，得到对准方案；以灰度值图的多个其他像素点为中心，得到多个对准方案，根据期望互相关系数、期望重合度和关键点匹配率选择最优对准方案；本发明缩小了B‑scan在扫描时的模糊性，减小了血液流速测量时的误差。
